Plan

Introduction  Démarrage de l'application  L'interface  La structure de l'appareil digestif  Les messages entre organes  L'ingestion d'aliments par l'appareil digestif  Collecte des résultats  Crédits

Introduction

Ce programme est un simulateur permettant la réalisation d'un modèle informatique d'un appareil digestif. Il a été créé dans le but de fournir à l'utilisateur une meilleure compréhension de l'évolution des volumes des différents organes au cours de la digestion. Le programme est comparable à un simulateur d'électronique où l'on utilise des composants que l'on paramètre et que l'on relie ensemble pour former un circuit. Dans notre cas les composants sont des organes que l'on assemble pour former un appareil digestif. Il permet non pas de visualiser des courants électriques mais des volumes ou des débits. Le programme permet à l'utilisateur de créer son propre modèle d'appareil digestif, ou de charger des parties de modèle mettant en scène des aspects particulier de la digestion.

Démarrage de l'application

Ce programme nécessite la machine virtuelle Java de Sun. Au lancement du programme le navigateur web vérifie la présence de cette machine virtuelle et propose normalement de l'installer si elle n'est pas présente. Si le navigateur ne propose rien et que l'application ne se lance pas cliquer ici pour télécharger manuellement la machine virtuelle Au moment du chargement de l'applet, la boite de dialogue ci-dessous apparaît: Cette boite de dialogue demande l'autorisation de l'utilisateur permettant au programme de lire des données sur son ordinateur. Cette demande d'autorisation est obligatoire pour pouvoir donner la possibilité à l'utilisateur d'enregistrer et de récupérer le travail qu'il a effectué sur son ordinateur. Pour les personnes qui n'aurrait pas confiance, une version n'affichant pas cette boite de dialogue et par concéquence de permettant pas l'enregistrement du travail est accessible à l'aide de ce lien: applet sans possibilité d'enregistrement

L'interface

L'interface du programme est divisé en 4 parties. Chaque partie est accessible à l'aide d'un onglet. La première partie permet la réalisation de la structure d'un appareil digestif. Dans cette étape on défini les différents organes ainsi que la vidange ou le reflux d'un organe dans un autre. La seconde permet de complexifier le fonctionnement de l'appareil digestif en permettant aux organes d'émettre des messages entre eux et ainsi former un système auto-régulé. Cette étape permet le pilotage des débits de vidange, d'absorption et de sécrétion des organes en fonction de paramêtres que l'on choisis (le temps par exemple). La troisième partie permet de définir ce que l'on veut faire ingérer à l'appareil digestif que l'on a créé et voir ainsi le comportement qu'il va avoir. Enfin la quatrième et dernière partie permet de visualiser à l'aide d'un graphique le fonctionnement de l'appareil digestif que l'on a créé dans les étapes précédentes. On peut par exemple observer le volume d'un organe au cours du temps. Les actions que l'on peut effectuer sont accessibles à l'aide de boutons placés sur une barre d'outils spécifique à chaque étape. De même il est possible d'effacer, de charger, ou d'enregistrer un projet à l'aide des boutons que l'on retrouve à droite de chaque barre d'outils. Le bouton Nouveau efface le projet courant. Le bouton Charger ouvre une boite de dialogue qui permet à l'utilisateur soit de charger des projets prédéfinis qui sont enregistré sur le serveur, soit un projet qu'il a préalablement enregistré sur son ordinateur. Le bouton Enregistrer ouvre une boite de dialogue d'enregistrement donnant la possibilité à l'utilisateur d'enregistrer sont travail.

La structure de l'appareil digestif

La structure de l'appareil digestif est représentée par un organigramme dans lequel chaque organe est représenté par une étiquette portant son nom. Les flèches noires entre les organes représentent l'écoulement normale du chyme dans l'appareil digestif. Les flèches grises représentent le chemin pris par le chyme lorsqu'il y a des phénomènes de reflux entre les organes. -Ajouter un organe Pour ajouter un organe à l'appareil digestif il faut cliquer sur le bouton Ajouter  disponible dans la barre d'outils. La boite de dialogue suivante apparaît: L'utilisateur peut alors choisir un organe déjà paramétré comme par exemple la bouche, ou en redéfinir un complètement. Si l'utilisateur choisit la deuxième solution en cliquant sur le bouton radio et qu'il appui sur le bouton OK, une boite de dialogue permettant de modifier tous les paramêtres possibles apparaît. Cette nouvelle boite de dialogue est la même que celle utilisée pour modifier les paramètres d'un organe déjà présent, nous la décriront dans le prochain paragraphe. -Modifier un organe Pour modifier les paramètres d'un organe il faut le sélectionner et cliquer sur le bouton Modifier  , ou alors tout simplement double-cliquer sur l'étiquette de l'organe. Un organe est sélectionné lorsque les bords de son étiquette sont plus épais. Une boite de dialogue divisée en trois partie apparaît alors. La première partie permet de modifier le nom de l'organe, l'organe dans lequel il se vidange et l'organe dans lequel il refoule. Cette partie permet aussi de définir les débits initiaux de cet organe. La seconde partie permet de définir la composition et le volume du chyme initialement présent dans cet organe. La dernière et troisième partie donne la possibilité de changer la composition des sécrétions de cet organe. -Supprimer un organe Sélectionner un organe puis cliquer sur le bouton supprimer  . Si l'organe avait des liaisons de vidange ou de reflux elles seront automatiquement supprimé. Par contre les messages, les aliments ingérés ou les courbes qui étaient lié à cet organe restent mais deviennent inopérants. -Déplacer l'étiquette d'un organe Par défaut les étiquettes des organes apparaissent dans le coin en haut à gauche de l'organigramme. Il est possible de les déplacer en maintenant le clic dessus et en déplacant la souris.

Les messages émis par les organes

Cette seconde partie permet l'ajout de messages entre les organes. Ces messages peuvent être nerveux ou hormonaux mais plus généralement ils peuvent servir dans tout les cas où un paramètre a une influence sur les débits de sécrétions, d'absorption ou de vidange d'un organe. Les informations sur les messages sont regroupés dans un tableau. Comme pour les organes l'utilisateur à la possibilité d'ajouter, de modifier ou de supprimer un message. -Ajouter un message  De la même manière que pour l'ajout d'organes il est possible pour l'utilisateur de choisir des messages prédéfinis dans le programme. Il peut aussi s'il le souhaite définir manuellement chaque paramètres. -Modifier un message L'influence d'un paramètre d'un organe sur l'un des débits d'un autre organe s'exprime à l'aide d'une fonction mathématique que l'utilisateur doit rentrer dans le champs équation. Dans un équation on nomme x la variable correspondant au paramêtre qui influence l'un des débits. Il est possible de rentrer des fonctions par partie comme par exemple: 3*x si x>100; 5x sinon Voici la liste des fonctions mathématiques supportées: cos() sin() abs() exp() -Supprimer un message Pour supprimer un message il faut le sélectionner en cliquant sur sa ligne correspondante et en cliquant sur le bouton Supprimer .

L'ingestion d'aliment par l'appareil digestif

Afin de tester l'appareil digestif qui à été crée dans les étapes précédentes, l'utilisateur a la possibilité d'utiliser cet onglet pour définir des aliments qui sont ingéré par l'appareil digestif. -Ajouter un aliment à ingérer L'utilisateur peut choisir des aliments prédéfini, et définir quand ils sont ingéré, pendant combien de temps ils le sont et en combien de bouchées. L'utilisateur peut choisir l'organe dans lequel l'aliment est ingéré. Généralement il s'agit de la bouche mais des cas médicaux dans lequel on alimente le patient d'une autre manière peuvent être simulé. -Modifier un aliment à ingérer La boite de dialogue de modification de l'aliment permet à l'utilisateur de décrire plus précisément l'aliment. Il est possible de modifier les pourcentages des différents nutriments ainsi que le pH et la températeur de l'aliment. -Supprimer un aliment La suppression ce fait exactement de la même manière que pour les messages. Il faut séléctionner l'aliment en cliquant sur sa ligne correspondante puis appuyer sur le bouton Supprimer.

Collecte des résultats

Cette partie a pour but de visualiser le fonctionnement de l'appareil digestif. Il s'agit d'un graphique dans lequel l'utilisateur peut ajouter ou enlever des courbes. Pour sélectionner une courbe il faut cliquer sur son nom à droite du graphique. -Ajouter une courbe En cliquant sur le bouton Ajouter l'utilisateur peut choisir l'organe qu'il veut observer et les paramètres qu'il veut mettre en abscisse et en ordonnée de sa courbe. Les bornes du graphique La configuration des bornes du graphique se fait à l'aide du bouton Paramétrer. Par défaut les bornes de l'axe des ordonnées sont automatiquement calculées, mais il est possible pour l'utilisateur de vouloir visualiser une petite partie, il peut donc décocher la case et définir manuellement les bornes.

Crédits

Ce programme a été réalisé par Lionel CHAUVIN au cours d'un stage de maîtrise informatique. Cliquer ici pour voir son CV